Répercussions de la manipulation incorrecte des échantillons de nématodes
Découvrez s’il est utile de confier à un laboratoire un échantillon de sol pour la détection des nématodes lorsque cet échantillon n’a pas été entreposé correctement ou livré immédiatement.
Dans la première partie du présent article, nous avons parlé d’un projet dans le cadre duquel le personnel du MAAARO a mis à l’essai des scénarios concernant le prélèvement d’échantillons de sol pour la détection des nématodes et la manipulation des échantillons afin de déterminer comment des résultats erronés pourraient se produire et les répercussions possibles.
La première partie portait sur les répercussions de l’échantillonnage : profondeur appropriée, mélange suffisant, superficie de la zone d’échantillonnage. Dans la deuxième partie, on verra s'il est recommandé de confier à un laboratoire un échantillon de sol qui, pour une raison quelconque, n'a pas été entreposé correctement ou immédiatement livré.
On a choisi quatre sites qui faisaient partie d’une culture en rotation comprenant des tomates de transformation et qu'on savait infestés de nématodes phytoparasites. Les pratiques d’échantillonnage et de manipulation recommandées étaient fondées sur la fiche technique du MAAARO, intitulée Échantillonnage du sol et des racines visant le dénombrement des nématodes phytoparasites, et sur les discussions avec du personnel de laboratoire chevronné. Les protocoles recommandés ont été respectés, à l’exception des différences indiquées.
Points saillants du protocole recommandé pour prélever des échantillons dans le sol afin de déceler la présence de nématodes :
- Prélever les échantillons à environ 20 cm (8 po) de profondeur et éliminer les 2,5 cm à 5 cm (1 po à 2 po) du dessus du sol.
- Pour les cultures en rangs, prélever des échantillons dans le rang de sorte qu'ils renferment des poils absorbants.
- Prélever 10 à 20 carottes de sol par acre. Chaque échantillon devrait représenter idéalement au plus 6 acres environ.
- Bien mélanger les carottes de sol, mais avec délicatesse.
- Placer les échantillons de sol dans une glacière contenant de la glace. Les garder au frais (sans les geler) jusqu'à la livraison. Les échantillons ne doivent pas être soumis à des changements brusques de température.
- Livrer les échantillons au laboratoire dès que possible, dans un délai d’au plus 3 à 4 jours.
Manipulation
La première partie de l’article portait sur les répercussions de l’échantillonnage. La deuxième partie explique ce qui arrive lorsque les échantillons ne sont pas manipulés correctement.
Conditions de manipulation
- Protocole recommandé. Placer les échantillons dans une glacière ou un réfrigérateur. Les livrer à un laboratoire dans un délai d’au plus 24 heures.
- Protocole recommandé, sauf que les échantillons restent dans le véhicule. Les livrer à un laboratoire dans un délai d’au plus 24 heures.
- Protocole recommandé, sauf que les échantillons restent dans le bureau. Les livrer à un laboratoire dans un délai d’au plus 24 heures.
- Protocole recommandé, sauf que les échantillons sont mis au réfrigérateur et livrés après une semaine.
- Protocole recommandé, sauf que les échantillons sont mis au congélateur pendant deux jours avant d’être livrés à un laboratoire.
Résultats
Les résultats sont exprimés en pourcentages, et le nombre moyen (4 sites) par rapport au protocole recommandé correspond à 100 % et le nombre moyen (4 sites) pour chaque condition représente un pourcentage du nombre « idéal ».
| Nématode des racines | Nématode à kystes | Nématode spiralé | Nématode cécidogène | |
|---|---|---|---|---|
| Recommandé | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
| Laissé dans le véhicule jusqu'au lendemain | 61 % | 13 % | 100 % | 130 % |
| Laissé dans le bureau jusqu'au lendemain | 43 % | 46 % | 38 % | 53 % |
| Mis au réfrigérateur pendant une semaine | 62 % | 6 % | 22 % | 75 % |
| Mis au congélateur pendant deux jours | 0 % | 27 % | 13 % | 91 % |
Les nombres de nématodes varient beaucoup dans un champ; même en mélangeant bien un échantillon avant de prélever des sous-échantillons selon chaque condition de manipulation, on n'obtiendrait pas des échantillons identiques. Cependant, les résultats indiquent que la manipulation a bel et bien une incidence sur les nombres de nématodes.
Même s'il semble que le fait de laisser un échantillon dans un véhicule (en plein soleil au mois de juin) pendant deux jours, à raison de quelques heures par jour, ne soit pas aussi dommageable que de le laisser au réfrigérateur pendant une semaine ou au congélateur pendant deux jours, il faut tenir compte de la variabilité des échantillons. Selon moi, personne ne veut courir le risque que les nématodes s'acclimatent à l’environnement d’un véhicule autant que cela semble avoir été le cas pour mes nématodes des racines.
Pour les autres espèces de nématodes dont il est question dans le présent article, un mauvais entreposage ou une livraison tardive a eu des effets désastreux.
Où est-ce que je veux en venir? Les nématodes sont peut être très difficiles à éliminer dans un champ, mais c'est tout le contraire dans un échantillon. Les laboratoires ne peuvent dénombrer que les nématodes qu'ils extraient d’un échantillon, et pour qu'ils puissent le faire, les nématodes doivent être vivants et en mouvement. Voulez-vous fonder vos décisions de gestion sur un nombre représentant la véritable population d’un champ ou sur le nombre de nématodes qui ont réussi à survivre à l’échantillonnage et à l’entreposage?
En passant, après avoir pris la peine de prélever des échantillons comme il se doit, de les manipuler correctement et de les livrer rapidement, vous voudrez vous assurer que le laboratoire les met au réfrigérateur et commence à les analyser dès que possible. Au moment de livrer les échantillons, prenez soin d’informer le personnel de la réception qu'il s'agit d’échantillons de nématodes et qu'ils doivent être réfrigérés et analysés sans délai. N'hésitez pas à poser des questions au laboratoire pour connaître ses protocoles de manipulation des échantillons et savoir quand il commencera les analyses. Vous avez investi du temps et de l’argent dans vos échantillons, et les décisions de gestion que vous prenez en fonction du rapport de laboratoire (p. ex. semer une culture sensible dans le champ en question, recourir ou non à la fumigation, acheter ou louer un nouveau terrain) auront probablement des répercussions financières importantes pour vous.
Projet de recherche
Le MAAARO collabore avec l’Université de Guelph à la réalisation d’un projet de recherche sur les nématodes qui s'attaquent à la tomate de plein champ débutant en 2015. Un volet du projet consiste à déterminer quels nématodes susceptibles de causer des dommages ayant une incidence économique sont présents dans les champs de tomates de l’Ontario et à examiner l’évolution des populations au fil du temps. Pour ce projet, nous avons besoin de producteurs coopérateurs des comtés d’Essex, de Kent et de Norfolk. Pour obtenir plus de détails, communiquez avec Janice LeBoeuf (spécialiste de la culture des légumes au MAAARO), au 519 674 1699 ou au janice.leboeuf@ontario.ca, ou avec Cheryl Trueman (Université de Guelph, campus de Ridgetown), au 519 674 1500, poste 63646, ou au ctrueman@uoguelph.ca.